Sekce komunikačních a informačních systémů Ministerstva obrany odpovídá za koncepční a kontrolní činnosti a za odborné a metodické řízení oblasti komunikačních a informačních systémů v rezortu Ministerstva obrany.
Odpovídá za strategické řízení informatizace, zpracování koncepce a strategie informatizace, implementaci státní informační politiky v rezortu Ministerstva obrany, definování požadavků na schopnosti komunikačních a informačních systémů zajišťujících spolupráci v sítích NATO a za koordinaci zpracování globální architektury komunikačních a informačních systémů.
Zpracovává koncepci výstavby, odpovídá za rozvoj a stanovuje normy přípravy a zásady bojového použití spojovacího vojska Armády České republiky. Odpovídá za rozvoj míst velení Armády České republiky v oblasti komunikačních a informačních systémů.
Odpovídá za zajištění kybernetické bezpečnosti integrovaného informačního prostředí rezortu Ministerstva obrany včetně bezpečnosti zpracovávaných informací. Zajišťuje řízení životního cyklu, rozvoj a bezpečnost komunikačních a informačních systémů v oblasti své působnosti. Vykonává správu movitého majetku v rezortu Ministerstva obrany u majetku zařazeného v majetkových uskupeních 2.4 a 6.2.
Realizuje propojení rezortních komunikačních a informačních systémů a informačních a komunikačních technologií do aliančních systémů a systémů poskytujících služby veřejné správy.
Zajišťuje výstavbu míst velení Armády České republiky a aliančních míst velení v oblasti komunikačních a informačních systémů.
Zajišťuje národní podporu DCM (Deployable Communication Module – nasaditelný spojovací modul).
Zajišťuje operační přípravu státního území České republiky v oblasti komunikačních a informačních systémů.
Zajišťuje plnění úkolů služebního orgánu odpovědného za vojenské odbornosti v odborné gesci ředitele sekce komunikačních a informačních systémů Ministerstva obrany. Je národním vojenským orgánem pro správu necivilních a sdílených úseků rádiového spektra v České republice.
Provádí následnou řídící kontrolu hospodaření s majetkem státu v rozsahu majetkové působnosti ředitele sekce komunikačních a informačních systémů Ministerstva obrany jako majetkového hospodáře. Řídí plánování věcných a finančních prostředků v oblasti komunikačních a informačních systémů. Odborně a metodicky řídí Agenturu komunikačních a informačních systémů.